Агапкин Василий Иванович родился 22 января [3 февраля] 1884 году в деревне Шинчерово Михайловского уезда Рязанской губернии в бедной крестьянской семье. Рано лишился родителей. Окончил 3 класса церковно-приходской школы.
Был принят на воспитание в оркестр 308 Астраханского псх. батальона (1894 г.), затем работал в оркестре 43-го драгунского Тверского полка (Царские Колотцы Тамбовской губернии). В 1906 г. призван на военную службу в Тверской драгунский полк.
С декабря 1911 года учится в Тамбовском музыкальном училище Императорского русского музыкального общества. Заканчивает его. Поступает на службу в 7-й запасной кавалерийский полк. Занимается дирижерской и композиторской деятельностью.
Вершиной его творчества является марш «Прощание славянки» (1912 г.), ставшей жемчужиной духовой музыки России. Идея марша навеяна событиями на Балканах.
В 1918 году добровольно вступает в ряды РККА, капельмейстером 1-го Красного гусарского Варшавского полка.
С 21 марта 1920 года – капельмейстер оркестра 27-го отдельного батальона войск ГПУ; с 1922 года – капельмейстер 17 особого полка войск ОГПУ.
В дальнейшем руководит оркестрами Школы Транспортного отдела ОГПУ (с 1923 г.), Центральной школы ОГПУ-НКВД СССР.
10 октября 1941 года назначен начальником оркестров ОМСДОН имени Ф.Э. Дзержинского; дирижирует сводным оркестром во время Парада 7 ноября 1941 года на Красной Площади в Москве. Исключен из списков ОМСДОН как откомандированный в распоряжение Управления оперативных войск 16 декабря 1941 года (приказ №194 по личному составу).
В дальнейшем продолжает руководить оркестром Центральной школы НКВД (г. Новосибирск, г. Москва).
С 1947 года руководит образцово-показательным оркестром МГБ СССР. С 1955 года в отставке. Продолжал композиторскую деятельность.
Умер 29 октября 1964 года, похоронен на Ваганьковском кладбище в г. Москве.